尼摩艇长就这样生活了好久，他漫游诸海。可是渐渐地，他的同伴们都死了，长眠在他们那位于太平洋深处的珊瑚墓地中。“鹦鹉螺”号变得空荡荡的了。终于，和他一起躲避在太平洋深处的所有人中，就剩下了他自己。
尼摩艇长时年六十岁。当他成了孤身一人时，他终于把“鹦鹉螺”号开到了一个海底港口。有几个海底港口为它充当船籍港，这是其中之一。这些港口中有一个在林肯岛下面，此时供“鹦鹉螺”号避难的正是它。
六年来，艇长就一直待在那儿，不再航行，他在等死，也就是在等和同伴们团聚的那一刻，直到他偶然目睹了载着南军的俘虏的气球坠落下来。工程师猛然掉进大海时，他正穿着潜水服在离海岸几链远的水下游来游去。艇长善心大发，他救了赛勒斯·史密斯。一开始，他是想避开这五个落难者的，可是他的避难港被封闭了，由于火山活动的影响而玄武岩上升，他无法再穿过洞穴的入口了。那里仍有足够的水可让一条轻便小船穿过，却已没有足够的水让“鹦鹉螺”号穿过，因为它的吃水度相对比较大。
尼摩艇长于是便留在那儿了。接下来，他观察了一下这五个无可挽回地被抛到荒岛上的人，可他不愿意被他们看见。渐渐地，当他看出他们正直、坚强，彼此之间团结友爱、亲如手足时，他便对他们所做的努力感兴趣了。像是无意中似的，他洞悉了他们生活中的所有秘密。穿上潜水服，他能轻而易举地到达花岗岩宫内井的底部，并攀着突起的岩石，一直升到井口，他听到移殖民们在讲述过去，探讨目前和将来。他从他们那里得知，为了废除奴隶制，美国自己打自己，并付出了巨大的代价。是的，这些人在岛上的表现是如此之令人满意，他们理应重新唤起艇长对像他们这样的人类的好感！艇长救了赛勒斯·史密斯。也正是他，把狗带回了“烟囱”；把托普抛出了湖面；让那箱子在漂流物岬头搁浅，而里面装了那么多对移殖民们有用的东西；让小船在感恩河中顺流而下；当猴子进攻时，从花岗岩宫高处扔下绳子来；把信装在漂流瓶里，让他们得知艾尔通在塔波尔岛的存在；在水道深处布下水雷，炸掉双桅横帆船；送来硫酸奎宁，救活必死无疑的哈伯特。而最后又是他，用那些电弹击毙了罪犯们——他掌握着制造电弹的秘诀，平时他用它们来进行海底狩猎。就这样，这么多看似超自然的事件有了解释，而它们全都证明了艇长的慷慨和万能。
然而，这位愤世嫉俗者却渴望行善。他还有忠告要提供给他的被保护人，另外，从自己的心跳状况感觉到死神在逼近，他便像人们所知的，通过一根把畜栏和“鹦鹉螺”号相连的电线，把移殖民们招来了，而“鹦鹉螺”号上有台电报机……他若知道赛勒斯·史密斯其实相当了解他的经历，竟至于能用“尼摩”这个名字向他致意，没准他是不会这么做的。
艇长讲完他的生平，赛勒斯·史密斯说话了。他回顾了那些对他们大有裨益的事件，并以他自己和同伴们的名义，向为他们做了那么多的慷慨之事的人表示感谢。可尼摩艇长并不打算对自己所提供的帮助索取回报。还有最后一个想法使他心神不安，在握住工程师朝他伸出的手之前，他说：
“既然，先生，既然您了解我的生平，那就评判一下吧！”
艇长说这话，显然是在影射一个严重事件，而那三个被抛到他艇上的外国人，则是该事件的目击者。那位法国教授必定已在自己的作品中讲述了它，而且大概引起了巨大的反响。
原来，在教授及其两位同伴逃走前几天，“鹦鹉螺”号在大西洋北部遭到了一艘驱逐舰的追击，它像一只公羊一样撞向这艘驱逐舰，并毫不留情地将它撞沉。赛勒斯·史密斯明白他在指什么，没有作答。
“这是一艘英国驱逐舰，先生，”尼摩艇长大声说道，他又变成了达卡王子，“一艘英国驱逐舰，您听清楚了！它袭击我！我被挤在一个又窄又浅的小海湾里！我得过去，所以……我过去了！”
然后，他用平静的声音补充道：“我是主持正义和公道的，不管到哪里我都惩恶扬善，做我能做的和该做的。而凡是正义，是不需要宽恕的！”紧接着这番话的是片刻的沉默，然后他又说了：“你们怎么看我，先生们？”
赛勒斯·史密斯把手伸给艇长，声音低沉地回答了他的问题：
“艇长，您错就错在以为能重现过去，并和必要的进步做斗争。这种错误一些人欣赏，而另一些人指责，但唯有上帝才能加以评判，而照道理应当予以宽恕。有人犯错是因为他以为自己的意图是好的，对这种人可以和他斗，但仍然要尊重他。您的错就是不排斥钦佩的那种，而您完全不用怕历史的评判会有损您的名声。历史喜欢英勇而愚蠢的行为，虽说它同时也谴责这种行为所引起的后果。”
艇长的胸脯起伏着，他把手伸向天空。“我到底是对还是错？”他喃喃地说。
赛勒斯·史密斯又说：“一切伟大的行为都可追溯到上帝，因为它们来自于上帝！尼摩艇长，在这里的这些正直的人，是您曾经救助过的，他们将永远怀念您！”
哈伯特走近艇长。他屈膝下跪，抓起的手来亲吻。垂死者的眼里流出一行热泪。“我的孩子，”他说，“愿上帝赐福于您！”
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