天启二年（1622）正月，努尔哈赤大军进攻广宁，巡抚王化贞弃广宁城溃逃至山海关，溃军及百姓数十万人在关门外请求入关，哭声震天，朝廷大震。天启二年三月十八日，朝廷任命王在晋为兵部尚书兼右副都御史，经略辽东、蓟镇、天津、登、莱，王在晋分析当时关外的形势，想进攻取得军事胜利是绝无可能了，于是决定放弃辽锦，以重兵退守山海关，并在山海关外的八里铺筑城，作为抵抗后金的最后防线。
这一决策遭到宁前兵备佥事袁崇焕的坚决抵制，他联合几个中下级官员孙元化、王棨等人越级上书给首辅叶向高，反对王在晋退守山海关的战略，主张筑守宁远，伺机复辽。
在这决定明朝生死存亡的重大战略抉择之际，叶向高难以判断可否，孙承宗遂提出前往实地考察，再作决断。天启二年六月二十六日，孙承宗抵达山海关，召集关内外官员将领开会讨论，在意见不一的情况下，他决定支持袁崇焕的主张，与王在晋争论七昼夜，并争取到天启皇帝的支持，罢免了王在晋的辽东经略，将其调任南京兵部尚书的闲职。
天启二年八月，孙承宗接任辽东经略，开始实行堡垒进攻的战略，修筑宁远城，部署关宁防线，练兵十四万，结果到天启五年的柳河之战，数万大军对阵后金几百、几千人，被打得大败，损失惨重，因此去职归乡。
时隔四年，此次己巳之变，后金大军破边入塞，崇祯情急之下，又把他召了回来，官复原职，又兼兵部尚书，负责北京城的防卫工作。
听了孙承宗为祖大寿的陈情之语，崇祯脸色稍有缓和，顿了顿，他又问道：“袁崇焕是否已招供？”
其时袁崇焕下狱已经快一个月了。崇祯元年，这位前蓟辽督师上任前曾对皇帝许下重诺，以五年之期平定辽东，崇祯因此赐以他全权，举凡户部转运军饷，工部供应器械，吏部用人，兵部调兵选将，悉由袁崇焕一人而决。袁崇焕上任后将宁远、锦州合为一镇，以祖大寿镇守锦州，赵率教守关门，他本人自驻宁远，随即却斩杀皮岛抗金将领、东江总兵毛文龙，而似意图与后金媾和。毛文龙在世时，后金一直被其军事骚扰，无暇犯边，毛文龙一死，后金的心腹大患得以解除，几个月后，皇太极就率大军破边侵入大明内地了。
皇太极大军破边之后，袁崇焕急率关宁铁骑回卫京师，崇祯随即下旨由他统领各路勤王之师抗敌，但他调兵遣将多有破绽，以至于后金军一路攻城略地，兵锋直抵京师城下。在北京城下的保卫战中，袁崇焕所部与满桂部多有不谐，甚至在满桂部与后金军作战时，有背后放箭射伤满桂之举，皇太极因此借力打力，巧用离间之计，致使北京城内，轰传袁崇焕勾结后金，引兵入犯，一时舆论大哗。
崇祯于是在十二月初一日召袁崇焕进城，当面质问他：为何杀毛文龙？为何敌军入寇？为何箭射满桂？
面对崇祯和一旁身挂箭伤的满桂，袁崇焕沉默不语，崇祯于是大怒，下令将他当场拿下，投入监狱。随行在旁的祖大寿吓得浑身发抖，兵部职方司郎中余大成观其神情，认为祖大寿三日内必反，但崇祯并未对他采取措施，仍让他出城领兵抗敌。果然，三天之后的十二月初四日，祖大寿挟带一万五千关宁军逃离京师战场，直奔关外而去。
“袁崇焕一案，遵旨由锦衣卫都指挥刘侨负责查办。已提审过原兵部尚书王洽，查验了王洽和袁崇焕的往来书信，其间并无二人同谋斩杀毛文龙及行款鞑虏之情事。斩帅、行款，袁崇焕已供认皆为其一人所为……”孙承宗低头酙酌字句，缓缓说道。
袁崇焕是孙承宗的学生，此时崇祯问起袁的案子，他必须字字酙酌，既不能稍有偏袒，又不能以一言半句落井下石，致自己的学生于不利境地。
“他为何要箭射满桂？”崇祯继续问道。
“满桂与虏兵一日交战十数场，兵势不敌而渐退至关宁军阵前。袁崇焕供称，为防溃兵冲阵，不得已放箭阻之。”孙承宗答道。
“虏兵潜越蓟西之事，如何供状？”崇祯冷哼一声问道。
“袁崇焕供称，十一月十三日凌晨，虏骑二百，以四队列蓟州城下。袁崇焕领关宁军出城列阵与之对峙，越二时辰，虏骑忽去，而虏大军不知何时已潜越蓟西，趋京师而去。”孙承宗低声答道。
“两万关宁大军，据守蓟州，必不令敌逾蓟门一步，这可是袁崇焕自己说的，怎么就被二百虏骑给吓到了？怎么就让鞑虏大军毫发无伤越过蓟州防线了？”崇祯恨恨地说。
孙承宗低头默然不语。这“潜越蓟西”一事，确实是袁崇焕绕不过去的坎，直到二十一世纪，史学界都还众说纷芸，莫衷一是。
崇祯见孙承宗不吭声，愈加愤恨，背着手来回急踱了几步，说：“蓟州本有刘策在守，为何袁崇焕一到，就把刘策遣回密云？若刘策兵在，虏军岂能轻越蓟州？”
这个问题孙承宗自然无法回答，只能一声长叹，低头不语。
看到孙承宗吁叹自责的样子，崇祯心里的气便消了一些，他停下脚步，又问道：“出城收殓阵亡将士的事办的怎样了？”
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